不少房地产企业遇到这样的问题，开发项目清算后剩余的房产再转让是单独计算土地增值税，还是与以前清算的收入合并重新计算。例如，原清算项目增值率20%，未全部出售，2010年出售剩余两套住房，收入200万元，对应成本50万元，企业是仅计算这两套住宅的增值率（约300%），还是并入原清算数据进行二次清算？

根据国家税务总局《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）的规定，并非项目销售完毕才开始清算。符合下列情形的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；2.取得销售（预售）许可证满3年仍未销售完毕的。

已竣工验收的房地产开发项目，已销开发产品收入由“预收账款”结转至“营业收入”，未销开发产品销售之前按照存货处理。若房地产企业捂盘或内部保留部分房源，均可能导致开发项目长期不能清盘。企业不主动清算，主管税务机关会要求其被动清算。但此时房产尚未销售完毕，由于房价的不确定性，未售房产难以按估计售价确定，无法准确确定增值额，所以土地增值税清算仍限于已售部分。

此外，土地增值税扣除项目的确定取决于开发产品单位建筑面积成本。在会计处理上，开发项目所发生的成本费用通过“开发成本”科目进行归集，开发项目完工后，“开发成本”科目归集的累计发生额即为项目发生的总成本并结转至“开发产品”科目，“开发产品”科目借方累计发生额即为完工项目总成本，其中既包含已售房产对应成本，又包含未售房产对应成本。国家税务总局《关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》（国税发〔2009〕31号）第十四条规定，已销开发产品的计税成本，按当期已实现销售的可售面积和可售面积单位工程成本确认。可售面积单位工程成本和已销开发产品的计税成本按下列公式计算确定：可售面积单位工程成本＝成本对象总成本÷成本对象总可售面积；已销开发产品的计税成本＝已实现销售的可售面积×可售面积单位工程成本。

已销开发产品成本的会计处理为：借记“营业成本”，贷记“开发产品”。未销开发产品成本即为“开发产品”科目已销成本结转后的余额。之后若再次销售，仍然按照销售面积×可售面积单位工程成本计算，由“开发产品”科目结转至“营业成本”。

国税发〔2006〕187号文件规定，单位建筑面积成本费用＝清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积。这里的扣除项目总金额既包括已售建筑面积，又包含未售建筑面积对应成本。这说明土地增值税清算的会计处理和企业所得税处理原则基本一致，均按照项目整体计算扣除项目总金额。扣除项目总金额也需要在已售建筑面积与未售建筑面积之间进行分摊。已售建筑面积与单位建筑面积成本费用乘积就是已售房产可扣除项目金额，未售建筑面积与单位建筑面积成本费用乘积就是未售房产可扣除项目金额。对于清算后再转让房产，国税发〔2006〕187号文件规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。

这里需要明确以下三方面问题：

1.清算前期已售部分与清算后期销售部分，尽管单位建筑面积成本是相同的，但增值率未必一样。例如，清算时住宅售价3000元/平方米，后期实际销售价5000元/平方米，假如之前可以享受普通住宅优惠，后期销售就不一定了，直接影响到税率的选择。

2.土地增值税清算后收取的清算时已售房产面积补差款，不同于清算时未售房产，尽管此部分收入可能增加已售部分增值额和提高增值率，但由于金额相对较小，简化处理为宜。福建省厦门市地税局《关于印发〈厦门市房地产开发企业土地增值税清算管理办法〉的通知》（厦地税发〔2010〕16号）规定，土地增值税清算后收取的清算时已转让房地产的补面积差款项直接作为增值额，按清算时确定的适用税率计算缴纳土地增值税。会计处理上，面积补差款计入当期营业收入，补缴土地增值税计入营业税金及附加处理。

3.清算后再转让房产纳税义务发生时间的确定。借鉴厦地税发〔2010〕16号文件的规定，纳税人清算后再转让房地产应按月区分普通住宅和非普通住宅，分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。纳税人清算后再转让房地产的，对于买卖双方签订的房地产销售合同有约定付款日期的，纳税义务发生时间为合同签订的付款日期的当天；对于对采取预收款方式的，纳税义务发生时间为收到预收款的当天。在签订合同时，可按合同约定的销售额计算增值额、增值率和应纳土地增值税，再根据各期收入占销售额的比重分期申报缴纳土地增值税。会计处理上，虽然属于完工产品，但由于预收款不符合会计准则收入确认条件，按上述规定分期申报缴纳的土地增值税不作损益结转，待房产交付完毕符合收入确认条件时，再计入营业税金及附加处理。