1.跨省设立的分支机构也参与汇算清缴，多退少补
《关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）
2.可以加计扣除的研发费用范围扩大
《关于研究开发费用税前加计扣除有关政策问题的通知》（财税〔2013〕70号）
3.明确了可以计入技术转让收入的技术咨询、技术服务、技术培训收入
《关于技术转让所得减免企业所得税有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第62号）
4.混合性投资业务按债权投资业务进行税务处理
《关于企业混合性投资业务企业所得税处理问题的公告》（国家税务总局公告2013年第41号）
5.上海自贸区试点企业所得税递延纳税
《关于中国（上海）自由贸易试验区内企业以非货币性资产对外投资等资产重组行为有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2013〕91号）
6.非居民企业派遣人员在中国境内提供劳务税收问题的判定
《关于非居民企业派遣人员在中国境内提供劳务征收企业所得税有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第19号）
7.非居民企业股权转让适用特殊性税务处理
《关于非居民企业股权转让适用特殊性税务处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第72号）
8.“营改增”的非居民企业应以不含增值税的收入全额作为应纳税所得额
《关于营业税改征增值税试点中非居民企业缴纳企业所得税有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第9号）
9.企业维简费支出的税前扣除问题明确
《关于企业维简费支出企业所得税税前扣除问题的公告》（国家税务总局公告2013年第67号）
10.企业参与政府统一组织的棚户区改造并同时符合一定条件的支出可税前扣除
《关于企业参与政府统一组织的棚户区改造有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2013〕65号）
11.企业政策性搬迁企业所得税的新旧政策衔接过渡问题、资产置换税务处理问题明确
《关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第11号）
12.中关村、东湖、张江国家自主创新示范区和合芜蚌自主创新综合试验区有关税收政策
《财政部、国家税务总局关于中关村、东湖、张江国家自主创新示范区和合芜蚌自主创新综合试验区有关职工教育经费税前扣除试点政策的通知》（财税〔2013〕14号）
《财政部、国家税务总局关于中关村、东湖、张江国家自主创新试点地区和合芜蚌自主创新综合试验区有关研究开发费加计扣除试点政策的通知》（财税〔2013〕13号）
13.中关村自主创新示范区三项企业所得税优惠新政
《关于在中关村国家自主创新示范区开展高新技术企业认定中文化产业支撑技术等领域范围试点的通知》（国科发高〔2013〕595号）
《关于中关村国家自主创新示范区有限合伙制创业投资企业法人合伙人企业所得税试点政策的通知》（财税〔2013〕71号）
《关于中关村国家自主创新示范区技术转让企业所得税试点政策的通知》（财税〔2013〕72号）
14.从七个方面强化对企业所得税汇算清缴的管理
《关于进一步加强企业所得税汇算清缴工作的通知》（税总发﹝2013﹞26号）
15.支持芦山地震灾后恢复重建有关税收优惠政策
《关于支持芦山地震灾后恢复重建有关税收政策问题的通知》（财税〔2013〕58号）
