2004年，审计署对水利部及长江水利委员会等7个流域机构和湖南、湖北等15个省（区、市）2002年至2003年水利建设资金管理、使用情况进行了审计，并抽查了15个国债投入较多的水利项目。这次审计资金总额716.46亿元，其中，国债资金318.08 亿元，中央预算内资金98.81亿元，水利建设基金20.45亿元，地方配套资金等279.12亿元，审计资金占2002年至2003年全国水利建设投资总额的77%。这次审计查出滞留资金35亿多元，其他违规金额近14亿元，共占审计资金总额的7%.

详细：审计署审计结果公告2006年第1号（总第13号）（二）

　　2004年，审计署对教育部等中央部门直属的18所高校2003年度财务收支情况进行了审计，并对债务、投资等情况进行了审计调查。这次审计的18所高校均为教育部等中央部门直属高校，实行定员定额拨款和专项补助的预算管理体制。近年来，各高校认真贯彻《教育法》和《高等教育法》，积极实施“科教兴国”战略，不断加大教育投入，推进高校改革，初步建立了以财政拨款为主、多渠道筹措教育经费的投入机制，支出结构也不断改善，为学校增加积累、改善办学条件和扩大招生规模提供了财力保障。高等教育事业呈现出快速发展的势头。但审计和审计调查也发现，高校在财务收支和收费等方面仍存在一些需要加以纠正和改进的问题。

详细：审计署审计结果公告2006年第1号（总第13号）（四）

　　根据《中华人民共和国审计法》的规定和国务院要求，中华人民共和国审计署会同中国人民解放军审计署，自2005年3月开始，对截至2005年2月底实施印度洋海啸对外紧急救灾援助的情况进行了专项审计。经审计，截至2005年2月底，中国政府通过直接提供现汇、物资援助以及派遣医疗队、国际救援队等多种方式，向各有关受灾国政府及联合国有关机构提供了我国有史以来最大规模的紧急救援，紧急启运10架次飞机，提供了包括生活必需品、药品、医疗器械、通讯设备等在内的663吨、3410立方米的救灾物资援助；先后派出7批次共计140人的医疗、地震、DNA检测等救援队。
详细：审计署审计结果公告2006年第2号（总第14号）（二）