2008年是新企业所得税法开始实施的第一年。企业所得税汇算清缴也将按照新的政策规定执行。为了方便纳税人，深圳市地方税务局发布关于2008年度企业所得税和个人所得税汇算清缴有关事项的通告（深地税告[2009]3号）（以下简称《通告》），明确执行中的相关事项。
《通告》分别对企业所得税和个人所得税的汇算清缴事项进行了明确。
企业所得税汇算清缴方面，《通告》指出，凡在纳税年度内开始生产、经营（包括试生产、试经营）或在纳税年度中间终止经营活动的查账征收企业所得税的纳税人和实行核定应税所得率征收企业所得税的纳税人，无论盈利或亏损，除经主管税务机关批准外，均应按照税法及有关规定，在2009年5月31日前完成企业所得税汇算清缴。由于我局开发的企业所得税征管系统定于2009年4月1日启用，属于我局管辖的企业所得税纳税人应于2009年4月1日至2009年5月31日期间完成2008年度企业所得税汇算清缴工作。
纳税人在办理年度汇算清缴时，应按税法规定自行进行纳税调整，自行计算应纳税所得额和应纳所得税额，根据预缴税款情况，计算全年应补（退）所得税税款，并于2009年5月31日前通过互联网申报或到主管的深圳市地方税务局所属区地方税务局（税务所）上门申报年度企业所得税，并于办理申报时一并报送相关报表、资料。主要有：企业所得税年度纳税申报表及其附表；企业会计报表（资产负债表、利润表、现金流量表及相关附表）、会计报表附注和财务情况说明书（事业单位为各类收支与结余情况、资产与负债情况、人员与工资情况及财政部门规定的年度会计决算应上报的其他内容）；备案事项的相关资料；主管税务机关要求报送的其它资料。
个人所得税汇算清缴方面，《通告》明确，凡在2008年12月31日前登记开业的各类实行查账征收的个体工商户业主、企事业单位的承包承租经营者、个人独资企业和合伙企业的投资者，在2008年度无论盈利或亏损，均应依法进行个人所得税的汇算清缴及年度纳税申报。
个人所得税纳税人办理年度汇算清缴，应按税法规定自行进行纳税调整并计算年度应纳税所得额和应缴税额，根据预缴税款情况，计算全年应缴应退（补）税额，在2009年3月31日前向深圳市地方税务局所属区地方税务局（税务所）报送生产经营所得投资者个人所得税年度汇算清缴申报表，并附送年度会计决算报表和预缴个人所得税纳税凭证。如投资兴办两个或两个以上企业中含有合伙企业的，投资者还应报送生产经营所得投资者个人所得税年度汇总申报表，同时附送所有企业的年度会计决算报表和当年度已缴个人所得税纳税凭证。
此外，《通告》还指出，纳税人如发生《国务院关于取消第二批行政审批项目和改变一批行政审批项目管理方式的决定》（国发[2003]5号）及《国务院关于第三批取消和调整行政审批项目的决定》（国发[2004]16号）和《国务院关于第四批取消和调整行政审批项目的决定》（国发[2007]33号）文件中规定取消的审批事项，应向税务机关报送相关资料并进行登记备案。对于取消审批手续的减免税项目和不需税务机关审批的减免税项目，纳税人应按《国家税务总局关于企业所得税减免税管理问题的通知》（国税发[2008]111号）的规定提请税务机关登记备案后，自登记备案之日起执行减免税，纳税人未按规定备案的，一律不得减免税。
