1993年12月31日国务院第134号令发布了《中华人民共和国增值税暂行条例》，同年12月25日财政部发布了《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》，两者均从1994年1月1日起实施，增值税作为流转税主体税种之一，其在运行过程中已突显其存在的诸多问题，具体表现了以下几个方面：

　　一、在法律上存在着缺陷。

　　1、依据《中华人民共和国税收征管法》第35条第6款税务机关有权核定其应纳税款情形之一是指“纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。”和第36条“企业或者外国企业在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用；不按之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税的收入或者所得额的，税务机关有权进行合理调整。”上述两条在对增值税日常征管中已显现出法律条款制定时的缺陷，如甲乙两企业为增值税纳税人且为关联企业，甲企业为废旧物资收购企业，又符合免征增值税的一切要件，乙企业为增值税一般纳税人，甲企业通过加价形式即高于无关联的第三方价格销售给乙企业，乙企业依法取得甲企业开具的废旧物资收购专用发票的10%计算抵扣进项税额，《征管法》第35条第6款和第36条中未列明“计税依据明显偏高，又无正当理由的”情形，在增值税征管过程中找不到法律依据来对甲企业实施查处，对乙企业也未作进项税额转出的相关规定。2、关于纳税人外出经营活动管理时限的设定容易出问题。根据《征管法》实施细则第21条所称“从事生产、经营的纳税人外出经营，在同一地累计超过180天的，应当在营业地办理税务登记手续。”国税发[2003]47号文又对细则第21条作出解释为“应当是以纳税人在同一县（市）实际经营或提供劳务之日起，在连续的12个月内累计超过180天。”上述的规定在税收实际工作中遭遇尴尬一是与国际惯例不符二是按照公历计算一般半年为181天或182天或184天三是纳税人在累计至179天停业，在第181又开业或复业又只能从头算起，易造成漏管户的发生。

　　二、总局规范性文件与行政法规相冲突。

　　根据《征管法》第23条“国家根据税收征收管理的需要，积极推广使用税控装置，纳税人应当按照规定安装，使用税控装置，不得损毁或擅自改动税控装置”，这一条表明了法律赋予税务机关推广使用税控装置的权利，于是国税发（2000）183号规范性文件规定“自2000年1月1日起，企业购置增值税防伪税控系统专用设备和通用设备发生的费用，准予在当期计算缴纳所得税前一次性列支；同时可凭购货所取得的专用发票所注明的税额从增值税销项税额中抵扣”，而《中华人民共和国增值税暂行条例》中第10条第1款规定“购进固定资产”不得从销项税额中抵扣，显而易见，总局规范性文件与行政法规发生了冲突。在税收实际工作中，以“适当减轻企业使用税控系统的经济负担”来解释，也是对行政法规滞后于征管需要的无奈之举。

　　三、“三小票”在增值税抵扣设计上的问题。

　　具体表现在：1、“交通运输发票”、“农副产品统一收购专用发票”、“废旧物资统一收购专用发票”均由手工开具，没有全国统一的制式，也没有有效的防伪措施，很容易被虚开和仿制，而且不易分辨真伪，业务的真实性也较难确定，同时还存在着大量的现金交易。2、在专项检查中，发现“三小票”已从过去单一的商贸企业逐步蔓延到生产型企业，从而导致增值税纳税人由零申报、负申报向低税负正常申报转变，如“铁本”案件，淮安的“2.26”案件，“河南许昌”案件，这些特大案件的发生，不得不引起我们对外部和内部管理以及“三小票”可以抵扣进项税额的反思。

　　四、企业的库存商品如何处置引发争议。

　　在税收征管工作中，对企业的库存商品如何处置？基层一线人员普遍感到困惑或棘手，具体表现在：1、增值税一般纳税人被取消资格后仍然生产经营的，针对其未实现销售的库存商品，有的人认为应按生产型企业6%的征收率、商业企业4%的征收率征收增值税；有的人认为，未实施销售的库存商品，在购进时已被企业依法申请全额抵扣了，应按其适用税率进行进项税额转出补缴增值税，不存在重复缴税的情形，但在实际操作中这一做法又找不到法律依据。2、针对依法申请注销的库存商品如何处置，有的人认为税务机关在批准其注销之前，应将这部分未实现销售的库存商品应作进项税额转出补缴增值税，有的人认为不应作为进项税额转出，其库存商品任由自然人处置，就有可能引起恶意注销的情形发生。3、改变税务机关的纳税人，有的人认为在注销税务表中注明其库存商品，纳税人必须向迁入地税务机关提供此项资料，迁出地税务机关也可向纳税人拟迁入地税务机关网上公布其库存商品，以便迁入地税务机关对其管理。

　　五、对新办商贸企业界定为增值税一般纳税人的标准不一。

　　将增值税纳税人划分为一般纳税人和小规模纳税人运行十多年来，其有利于征管，有利于组织税收收入，确实起到了积极作用；但随着我国加入WTO后，全国范围内推行使用防伪税控开票的进程加快，又逢七月一日《行政许可法》施行，从纳税人的角度来看，将纳税人的分类带有一定的歧视性。尤其新办的商贸企业进行预认定，正式认定各地在实际操作中界定的标准不一，具体表现在：1、预认定满一年后，未达到法定销售额标准的，且又无国家税务总局列举的五种情形之一的，同时已上防伪税控系统的，有的地方对其资格予以保留；有的地方则予以取消资格；2、由于需要工商、技术监督局等部门的协同完成，又由于地方各级政府、招商办招商引资的缘故，往往引进的商贸企业注册地与实际经营地不一致，有的在同一县范围内或同一市（区）范围内，有的地方予以预认定，有的地方不予以认定；3、有的地方对新办小型商贸企业必须自税务登记之日起，一年内实际销售额达到180万元，方可申请一般纳税人资格认定，未被认定为一般纳税人之前按小规模纳税人管理，并对其实行辅导期管理制度，辅导期结束后，经主管税务机关审核同意，可转为正式一般纳税人，按照正常的一般纳税人管理。4、有的地方对设有固定经营场所和拥有货物实货的新办商贸销售企业以及注册资金在500万元以上，人员在50人以上的新办大中型商贸企业在进行税务登记时，即提出一般纳税人资格认定申请的，可认定为一般纳税人，直接进入辅导期，实行辅导期一般纳税人管理，辅导期结束后，经主管税务机关审核同意，可转为正式一般纳税人，按照正常的一般纳税人管理。

　　同时对经营规模较大，拥有固定经营场所、固定的货物购销渠道，完善的管理和核算体系的大中型商贸企业。可不实行辅导期一般纳税人管理，而直接按照正常的一般纳税人管理。

　　上述设置的各种界定标准，已到了需要制定全国统一标准的时期，或者将制定具体标准下放至省局一级。

　　六、考核增值税准期申报率只能是权宜之计。对基层税务机关考核增值税准期申报率只是一种内部管理措施，在现阶段现行征管模式下确实发挥了一定的积极作用，但从税法的角度来看，既然法律赋予纳税人必须按期如实申报的义务，纳税人若超越法律而超期申报，就应由税务机关给予相应的行政处罚，以起到惩戒作用，同时税务机关应做好催报催缴工作。在依法治国、依法治税的今天，设置准期申报率这一考核指标，是对基层执法信心不足的表现，不是还责于纳税人的做法。

　　七、现行征管模式存在弊端。现行征管模式以计算机为依托是正确的，跨区域实行集中征收在实施初期使人感到成功，随着改革的不断深入，出现以下几点弊端：一是七月一日《行政许可法》的实施，从方便纳税人的角度，需要改革纳税人从一个行政区别另一个行政区申报纳税，且易出现了排长队的现象，也增加了纳税人相应的成本；二是征收与管理条块分割，信息资源不能完全共享；三是条块分割，存在着对辖区内纳税人管理弱化，责任不清的局面，管理分局的片管员疲于应付6.0版的工作流，对辖区内纳税人生产经营状况、货币资金运用情况、税负、发票使用等情况远远不如过去“专管员”那样熟悉，容易产生监管不力，被追究行政执法过错的责任。

　　针对上述增值税在运行过程中存在的问题，应采取七个方面的对策，予以解决，使之完善和有效的运行。

　　对策一：启动立法程序，弥补法律设计上的缺陷。

　　1、尽快启动立法程序，填补法律设计上的盲点，即将《征管法》中第35条第6款修改为“纳税人申报的计税依据明显偏低或明显偏高，又无正当理由的。”税务机关有权核定其应纳税款，修改后可对关联交易的甲企业通过加价向乙方开具废旧物资多抵扣的专项税额进行进项税额转出，同时一经发现甲企业虚开、随意加价开具发票即取消甲企业享受免征增值税的优惠政策，并给甲、乙企业相应的行政处罚。2、参照国际惯例和国内相关法律，对《征管法》实施细则第21条所称“从事生产、经营的纳税人外出经营，在同一地累计超过180天的”修改为“在同一地累计超过183天的”，这样在一定程度上避免纳税人利用时间差钻法律的空子，避免给国家造成税款流失和漏管，同时又便于税务机关操作。

　　对策二：将“补丁”程序上升为行政法规或法律。

　　上层在制定政策时，应尽量避免总局规范性文件与行政法规在增值税运行过程带来的冲突，不给基层执法带来困惑，也要有利于纳税人遵从。1、建议将国税发（2000）183号规范性文件上升为行政法规，使后面的行政法规否定前面相抵触的规范性文件或行政法规。2、将《中华人民共和国增值税暂行条例》中第10条第1款修改为“购进固定资产（除购进增值税防伪税控系统专用设备和通用设备外）不得从销项税款中抵扣。”3、目前，国家将在东北老工业基地试行消费型增值税，待试点成功后，应尽快将现行的生产型增值税改为消费型增值税，购进固定资产不得从销项税额中抵扣的问题便迎刃而解了。

　　对策三：取消“三小票”中“二小票”抵扣进项税额的规定。

　　1、将“三小票”中“交通运输”由缴纳营业税改为征收增值税并纳入防伪税控系统，这样有利于增值税链条的衔接，也可避免河南许昌市货运发票虚开26亿大案的不时发生。

　　2、将“三小票”中“两小票”即“农副产品”、“废旧物资”收购企业由免征增值税改为按季“先征后返”，日常检查时一经发现虚开收购专用发票即取消其“先征后返”资格。

　　3、将用农、用废企业所取得的收购专用发票取消其按13%或10%抵扣进项税额的规定，一律改为“实耗扣税法”，并在每月申报时将耗用台帐、货币资金运动情况作为附列资料报送主管税务机关，其计算公式为当期准予扣除的外购农（用废）已纳税款=当期准予扣除的外购用农（用废）买价*外购用农（用废）的扣除率（或适用税率）。

　　当期准予扣除的外购用农（用废）买价=期初库存的外购用农（用废）的买价+当期购进用农（用废）的买价-期末库存的用农（用废）的买价。

　　根据上述计算公式，管理部门应将“三小票”企业列入高危企业，加大监管力度，同时将“三小票”企业列入纳税评估的必评对象。

　　对策四：规范对企业库存商品的处置。

　　税务机关对企业库存商品的处置可采用以下几种方式：1、对恶意注销企业的库存商品实行惩戒性措施。将未实现销售的库存商品进行进项税款转出，补缴增值税。2、对依法破产导致注销的，其库存商品按相关法律处置。3、对改变税务机关，未发现其虚开、偷税而注销的企业，由迁出地税务机关注明库存商品传递至迁入地机关或在网上进行公布，有利于迁入地对其实施监管。4、对被取消增值税一般纳税人变为小规模纳税人的，仍正常开展生产经营的，对其库存商品在实现销售时按6%或4%征收增值税；对被取消资格后不生产经营的，宜采取惩戒性措施补缴增值税。对未实现销售的库存商品的处置需启动立法程序加以规范，从而更有效地避免国家税款的流失。

　　对策五：加快取消增值税纳税人划分的进程。

　　尽管我国区域经济发展不平衡，纳税人之间的生产经营规模等诸多方面存在着差异，但随着我国加入WTO，随着我国推广使用防伪税控系统的到位，随着《行政许可法》的实施，加快了取消将增值税纳税人划分的进程。取消划分有利于为中小型企业（纳税人）提供公平竞争的平台，也为中介机构的发展提供了一个舞台。

　　对策六：应取消增值税准期申报率对基层税务机关的考核。

　　对基层税务机关考核其辖区内准期申报率，对加强征管起到一定积极的、制约作用，但随着依法治税的深入开展，税务机关应还责于纳税人，对基层税务机关考核其准期申报率呈现出上级对下级依法治税的信心不足，法律赋予纳税人必须如实按期申报，而纳税人超越法律赋予的义务不按期申报，主管税务机关应依法履行催报催缴和行使行政处罚权就足够了，所以我认为取消准期申报率的考核是依法治税进步的具体表现，是评判纳税人未按期申报税务机关是否“作为”的依据，是提高纳税人遵从税法的具体体现。

　　对策七：改革现行征管模式，强化管理。

　　一些地市级国税局实行大集中征收，并成立了征收分局，已显现出条块分割，弱化管理的现象，各区局对辖区的管户的生产经营情况，发票发售使用等情况难以及时监控，同时信息资源不能被最大限度的共享，宜撤销征收分局，将征收分局受理申报、发票发售等权限下放到各区局，这样有利于方便纳税人，有利于各区局对辖区内纳税人申报、开票以及是否走逃等异常情况及时监控，宜建立数据处理信息中心，将各区局的数据上传至市局数控中心，也有利于上级对下级的监控；加快推行网上申报的进度，界定以计算机为依托的网上资料保存的制度，确保网络运行的安全。进一步界定管理人员的职责，明确何为监管不力？推行“一户式”的户籍式管理模式，加强监管和巡查，夯实基础性工作，提高征管水平，为地方经济的发展创造公平竞争的税收环境，同时也降低了执法风险。