近年，昆山市审计局不断加大了对财政专项资金的审计和审计调查力度，2009年更是对教育、卫生、水利、城乡一体化建设和扩大内需等12项专项资金实施了审计和审计调查，审计资金总额172.77亿元。审计揭示了部分专项资金拨付不够及时、跟踪管理不尽完善以及少量专项资金违规使用、效益发挥尚不理想等方面的问题，提出了加强专项资金管理、提高资金使用效益的针对性建议，引起了政府及相关部门的高度重视。

　　为此，财政部门出台了三大强化管理的举措：一是出台《昆山市财政专项资金使用管理暂行办法》。《办法》对财政专项资金的设立与预算、使用和管理以及监督检查与绩效评价都作了详细规定，有利于充分发挥财政资金使用效益。二是开发专项资金跟踪管理软件。该软件与国库集中支付平台链接，对经常性项目资金实行专款专用后续跟踪管理，建立起财政专项资金运行的动态监控机制。这样可以避免财政专项资金项目混用、多头申报等现象，加强对专项资金的日常监管。三是进一步完善部门预算编制。根据对专项资金的专项名称、指标金额、调整指标金额、已下达用款计划金额、指标结余金额、用款计划、支付金额、余额等情况的分析，对2010年市级部门预算编制提出编制原则和具体的意见，使专项资金的使用更加契合部门与单位的实际情况。