“应交增值税”科目是最复杂的一个应交税费科目，具体说明如下：
“应交增值税”分为“进项税额”、“销项税额”、“出口退税”、“进项税额转出”、“已交税费”等设置专栏进行明细核算。
本科目期末贷方余额，反映企业尚未缴纳的税费；期末如为借方余额，反映企业多缴或尚未抵扣的税金。
为了更清楚地分别核算增值税应缴、已缴和未缴的情况，在该科目下，应设置下列明细科目：
（一）“应交增值税”明细科目
在现行税制下，“应交增值税”明细科目的借、贷方增加了很多经济内容，借方既要反映进项税额。又要反映预缴的税金；贷方既要反映销项税额，又要反映出口退税、进项税额转出等情况。“应交增值税”明细科目增加核算内容后，如果仍沿用三栏式账户，很难完整反映企业增值税的抵扣、缴纳、退税等情况。因此，在账户设置上采用了多栏式账户的方式，在“应交税费－－应交增值税”账户中的借方和贷方各设了若干个三级科目加以反映。
1．“进项税额”，记录企业购入货物或接受应税劳务而支付的、准予从销项税额中抵扣的增值税额。企业购入货物或接受应税劳务支付的进项税额，用蓝字登记；退回所购货物应冲销的进项税额，用红字登记。
2．“已交税费”，核算企业当月缴纳本月增值税额。
3．“减免税款”，反映企业按规定减免的增值税款。企业按规定直接减免的增值税额借记本科目，贷记“营业外收入”科目。
4．“出口抵减内销产品应纳税额”，反映出口企业销售出口货物后，向税务机关办理免抵退税申报，按规定计算的应免抵税额，借记本科目，贷记“应交税费－－应交增值税（出口退税）”科目。应免抵税额的计算确定有两种方法：
第一种是在取得国税机关《生产企业出口货物免抵退税审批通知单》后进行免抵和退税的会计处理。即按批准数进行会计处理。按《生产企业出口货物免抵退税审批通知单》批准的免抵税额。借记本科目。贷记“应交税费－－应交增值税（出口退税）”科目。
第二种是出口企业进行退税申报时，按退税申报数进行会计处理。根据当期《生产企业出口货物“免、抵、退”税汇总申报表》的免抵税额借记本科目，贷记“应交税费－－应交增值税（出口退税）”科目。
5．“转出未交增值税”，核算企业月终转出应缴未缴的增值税。月末企业“应交税费－－应交增值税”明细账出现贷方余额时，根据余额借记本科目，贷记“应交税费－－未交增值税”科目。
6．“销项税额”，记录企业销售货物或提供应税劳务应收取的增值税额。企业销售货物或提供应税劳务应收取的销项税额，用蓝字登记；退回销售货物应冲销的销项税额，用红字登记。现行出口退税政策规定，实行先征后返的生产企业，除来料加工复出口货物外，出口货物离岸价视同内销先征税，出口单证收齐后再以离岸价为依据按规定退税率申报退税，在出口销售行为发生后，按规定征税率计算销项税额贷记本科目，同时按规定退税率计算的出口退税借记“应收补贴款”科目。按征退税率之差计算的不得抵扣税额借记“出口产品销售成本”科目；实行“免、抵、退”税的生产企业。出口货物销售收入不计征销项税额，对经审核确认不予退税的货物，应按规定征税率计征销项税额。
7．“出口退税”，记录企业出口适用零税率的货物，向海关办理报关出口手续后，凭出口报关单等有关凭证，向税务机关申报办理出口退税而收到退回的税款。出口货物退回的增值税额，用蓝字登记；出口货物办理退税后发生退货或者退关而补缴已退的税款，用红字登记。出口企业当期按规定应退税额，应免抵税额后，借记“应收账款－－应收出口退税款－－增值税”科目、“应交税费－－应交增值税（出口抵减内销产品应纳税）”科目。贷记本科目。
8．“进项税额转出”，记录企业的购进货物、在产品、产成品等发生非正常损失以及其他原因而不应从销项税额中抵扣，按规定转出的进项税额。按税法规定。对出口货物不得抵扣税额的部分，应在借记“产品销售成本”科目的同时，贷记本科目。企业在核算出口货物免税收入的同时，对出口货物免税收入按征退税率之差计算出的“不得抵扣税额”，借记“产品销售成本”科目，贷记本科目，当月“不得抵扣税额”累计发生额应与本月免税申报的《生产企业出口货物免税明细申报表》中“不得抵扣税额”合计数一致。出口企业收到主管税务机关出具的《生产企业进料加工贸易免税证明》和《生产企业进料加工贸易免税核销证明》后，按证明上注明的“不得抵扣税额抵减额”用红字贷记本科目，同时以红字借记“主营业务成本”科目。生产企业发生国外运费、保险、佣金费用支付时，按出口货物征退税率之差分摊计算，并冲减“不得抵扣税额”。用红字贷记本科目，同时以红字借记“主营业务成本”科目。
9．“转出多交增值税”，核算一般纳税人月终转出多缴的增值税。月末企业“应交税费－－应交增值税”明细账出现借方余额时，根据余额借记“应交税费－－未交增值税”科目，贷记本科目。对按批准数进行会计处理的，本科目月末转出数为当期期末留抵税额；对按退税申报数进行会计处理的，本科目月末转出数为计算“免、抵、退”税公式计算的“结转下期继续抵扣的进项税额”。
上述三级明细科目，前5项在借方登记、后4项在贷方登记。即“销项税额”、“出口退税”、“进项税额转出”、“转出多交增值税”四个三级科目在“应交增值税”明细账的贷方。
另外，增值税小规模纳税人，其销售收入的核算与一般纳税人相同，也是不含增值税应税销售额，其应纳增值税额，也要通过“应交税费－－应交增值税”明细科目核算，只是由于小规模纳税人不得抵扣进项税额，不需在“应交税费－－应交增值税”科目的借、贷方设置若干三级科目。小规模纳税人“应交税费－－应交增值税”科目的借方发生额，反映已缴的增值税额，贷方发生额反映应缴增值税额；期末借方余额，反映多缴的增值税额；期末贷方余额，反映尚未缴纳的增值税额。