为配合增值税转型改革，我国出台了新的增值税暂行条例，新增值税条例虽然在“允许抵扣固定资产进项税额”等方面进行了相应修改，克服了原增值税条例中的一些重大弊端，但在税法要素的设计和税收征管上仍存在一些问题值得探讨。
第一，农产品进项税额顺乘的问题。
《增值税暂行条例》第八条第三款规定：购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：进项税额=买价×扣除率。按此规定，以一个中型棉花收购加工企业为例予以说明。
某棉花收购加工企业累计向农民收购价款40000万元的棉花，企业按规定，将买价40000万元分解成两个部分，即企业成本(进价)34800万元，进项税额5200万元。棉花加工之后以44500万元的价格卖给下游企业，按增值税的计算公式：
不含税销售额=含税销售额／(1+税率)
销项税额=不含税销售额×税率
那么该企业的不含税销售额为39381万元，销项税额为5119万元。这样，企业毛利为4581万元(39381-34800)，应纳税额=销项税额一进项税额，即85万元(5119-5200)。该例说明企业增值了，获得毛利4581万元，但不仅不用纳税，而且还有85万元的进项留抵，没有体现增值税的基本作用。上例可知，只要是与免征增值税的初级农产品有业务关系的企业普遍存在这种情况。笔者建议，将收购农产品进项额的公式调整为“进项税额=买价/(1+13%)×13%”，即例巾进项税额应为4601万元[40000／(1+13%)×13%]，进价为35399万元(40000-4601)，这样企业毛利即为3982万元(39381-35399)，企业应缴税额为518万元(5119-4601)。
第二，高征低扣的问题。
由于在增值税税率设计上存在17%和13%两档税率，那么以低税率产品为原料的企业就必然会出现“高征低扣”问题。所谓“高征低扣”，是指货物销售上采用17%增值税率的一般纳税人，由于其购进货物的进项税率是13%，而形成的即使该企业将采购的货物原价卖出，没实现增值，也要支付4%税率差的增值税的情形。这种现象在我国棉纺企业表现较为突出。
以一个中型棉纺企业为例，年用棉量为5万吨，每吨棉花按平均价13000元计算，全年棉花采购费用总计约65000万元，按13%税率计算进项税款为7478万元，而如果按17%税率计算进项税款为9444万元，税率差价高达1966万元，大大增加了企业成本。国家对棉花等农产品实行低税率，体现了国家对经营这部分货物的企业的特殊照顾，但由于存在税负转移，实际上这种照顾的代价是由购进低税率货物的纳税人“买单”，显然不合理。要解决增值税“高征低扣”问题可采取两个办法：
一是取消增值税的低税率，将棉花等农产品增值税的适用税率调整为17%，以统一农产品收购、加工、流通各环节的增值税进、销项；
二是为了体现国家对经营农产品企业的照顾，对农产品经营企业的增值税采取先征后返的办法，即按企业销售额的4%返税给农产品经营企业。
为增强国棉的竞争力，还可以考虑规定国内企业凡使用国产棉花按17%抵扣增值税，外棉则继续按13%抵扣增值税，这样可以提高我国棉花的价格竞争力。有利于解决当前国棉销售困难的局面。
第三，增值税的征税范围问题。
由于增值税征税范围相对较窄，直接导致增值税销售货物与应税劳务抵扣链条中断，既削弱了增值环环相扣的制约机制和作用，又增加了税收征管难度，从整体上给国民经济造成了一定的影响。为了消除重复征税和税负不均现象，突出增值税“中性税收”的优点和“普遍调控”原则，应当扩大增值税的征税范围。即将交通运输业、邮电通讯业、建筑安装业及其他服务行业等现在征收营业税的行业纳入国家增值税的征收范围，统一征收增值税。同时，还可以考虑进一步降低直至取消一般纳税人的“门槛”，以完善增值税的计征办法。充分体现“税收公平”和“国民待遇”原则，鼓励个人投资，促进中小企业发展。
第四，购进固定资产进项税额的抵扣问题。
一是生产用房纳入固定资产抵扣范围的问题。在增值税转型后，生产设备、运输工具(不包括汽车、游艇)已经纳入抵扣范围。如能将作为生产设备配套的厂房购建纳入抵扣范围，更有利于提高企业增加投资的积极性，实现扩大内需的目标。
二是固定资产进项申报抵扣的时间问题。实施消费型增值税，扣除外购固定资产进项税额后，税基显著缩小，税收自然下降。固定资产(机器设备)新投入获得的发展财富，短时间内(3年左右)政府将从中获取的相应利益份额将大幅减少。如果固定资产购进一次性抵扣，由于进项税额较大。会形成企业一个时期无税可交，对税收均衡入库冲击更大。为此，应对一般纳税人新增生产经营性固定资产的进项税额采取分时申报抵扣办法，即按照固定资产折旧年限，分年逐月申报抵扣，尽量减轻固定资产抵扣对税收收入均衡入库的影响。
第五，税收征管中的“定率征收”问题。
增值税条例及实施细则明确了纳税人的纳税权利和义务，但在税务机关税收征管实践中，依然存在简单化和随意性现象，一些地方的税务机关对企业实行所谓“预警税负”，实际上是变相的“定率征收”。他们分行业类型确定预交增值税比率，企业如果达到一定的税负水平，税务部门就以进行“税务稽查”相威胁。或以不为企业提供增值税发票相要挟，企业在税企关系中的弱势地位，使得企业被迫就范。要解决上述问题：
一是要在增值税条例及其实施细则或税收征管理法中明确税务机关及其工作人员违法违规处罚的明细条款，防止税务工作人员将税法的强制性演变成其对企业工作的强制性，维护纳税人的正当权益。
二是税务机关要加强队伍建设，提高干部职工的业务素质和政策水平，树立尊重纳税人意识，妥善处理组织收入与依法治税的关系，优化征管手段、方法，既要做到应收尽收，确保税收“颗粒归仓”。又要坚持依法治税，不收“过头税”。
三是企业法人要增强守法纳税意识，提高企业管理人员的专业素质，做到依法纳税，不偷税漏税，共建和谐税企关系。
