在税务机关的纳税检查后，对于查补或多缴纳税款，企业应及时做出调账处理，否则将可能造成重复缴税或前补后退的情况。因企业所得税政策、计算和会计核算较为复杂。故其调账处理也较繁琐。下面举例说明补缴企业所得税的账务处理。
例：甲公司是一家房地产开发企业，2004年营业收入为1000万元，当年会计利润和申报的应纳税所得额均为20万元，企业所得税税率为33％，相应的税款已经缴纳。2005年4月10日，税务机关对甲公司2004年度的纳税情况进行了检查，发现存在下列情况：
1.甲公司2004年实际发放工资12.6万元，“应付工资”科目年初、年末余额均为0，当年平均职工10人，当地的计税工资标准为每人每月800元；
2.甲公司2004年在“营业费用”科目列支广告费用88万元；
3.甲公司2004年将收到的意外事故保险赔款6万元挂在“其他应付款”科目，年底未作转账处理，但相关损失已结转利润；
4.甲公司2004年有-套住宅已售出，但将其收入45万元挂在“预收账款”科目，也未结转相关成本32万元。
4月30日，税务机关按照规定程序下达了税务处理决定书和税务行政处罚决定书，认定甲公司的行为已构成偷税，责令其补缴企业所得税9.9万元，同时加收滞纳金，并处以罚款。
甲公司的账务调整如下：
根据企业会计制度和相关准则的规定，企业因偷税而按规定补缴以前年度的所得税，应视同重大会计差错，按重大会计差错的规定进行会计处理。
1.甲公司2004年实际列支工资超过计税工资总额3万元应调增应纳税所得额。由于工资的列支符合会计制度的规定，不需要进行账务调整。
2.甲公司2004年列支广告费用超过税法允许税前扣除的限额部分8万元应调增应纳税所得额，但可以无限期向以后纳税年度结转。这属于可抵减时间性差异，不需要进行账务调整。
3.甲公司2004年将收到的保险赔款挂在“其他应付款”，按税法规定其应冲减相关的损失，因此应调增应纳税所得额。同时，这也违反了企业会计制度，调整分录如下（单位：万元）：
借：其他应付款 6
贷：以前年度损益调整 6
4.甲公司2003年漏记一套住宅的销售收入，按会计制度和税法规定均应确认销售收入及销售成本，并应调增应纳税所得额13万元。
借：预收账款 45
贷：以前年度损益调整 45
借：以前年度损益调整 32
贷：库存商品 32
5.综上，甲公司共应调增应纳税所得额30万元，应补缴企业所得税9.9万元。
如果甲公司采用应付税款法核算所得税，
借：以前年度损益调整 9.9
贷：应交税金——应交所得税 9.9