三、代开票纳税人
达到自开票纳税人条件的，可以按自开票纳税人资格认定规定申请办理自开票纳税人认定手续。
发票管理
货物运输业必须使用全国统一的发票，发票的样式和内容由国家税务总局另行制定。铁路运输、航空运输、海洋运输的货物运输业发票应按照国家税务总局统一规定的格式、内容印制和使用。自开票纳税人向主管地方税务局申请领购并自行开具货物运输业发票，自开票纳税人应按照发票管理办法及相关的法律、法规的规定，如实填开货物运输业发票，加盖财务印章和开票人专章。自开票纳税人必须按照规定逐栏、如实填开货物运输业发票。凡开具给增值税一般纳税人的货物运输业发票，必须填写该增值税一般纳税人的名称和纳税人识别号。自开票纳税人对下列情况不得开具货物运输业发票：（一）未提供货物运输劳务；（二）非货物运输劳务；（三）由其他纳税人（包括承包人、承租人及挂靠人）提供的货物运输劳务。 在全国实行新的由税控器具开具货物运输业发票以前，自开票纳税人在申报缴纳营业税时，除报送营业税申报表外，必须向主管地方税务局报送《自开票纳税人货物运输业发票清单》的纸制文件和电子信息。纳税人自行雕刻开票人专章。
纳税申报
对自开票纳税人实行查账征收方法。对自开票纳税人开具的货物运输业发票注明的运费和其他价外收费，一律按“交通运输业”税目征收营业税。
对自开票纳税人的联运业务，以其向货主收取的运费及其他价外收费减去付给其他联运合作方运费后的余额为营业额计算征收营业税。 以上所称联运必须同时符合以下条件：（一）自开票纳税人必须参与该项货物运输业务；（二）联运合作方向自开票纳税人开具货物运输业发票；（三）自开票纳税人必须将其接受的货物运输业发票作为原始计账凭证，妥善保管，以备税务机关检查。
自开票纳税人在申报缴纳营业税时，除报送营业税申报表外，必须向主管地方税务局报送《自开票纳税人货物运输业发票清单》的纸制文件和电子信息。《自开票纳税人货物运输发票清单》、《增值税运输发票抵扣清单》的电子信息采集软件，由国家税务总局统一开发，并免费提供使用。纳税人可从国家税务总局网站自行下载使用。
提供货物运输劳务的单位向其机构所在地主管地方税务局申报缴纳营业税。
资格审验和确认
地方税务局应按年度对自开票、代开票纳税人进行资格审验和确认。年审的时间从每年11月起至12月底结束，具体期限由省级地方税务局确定。
自开票纳税人年审的内容
1.基本情况。包括纳税人名称、经营地址、经济性质、经营范围、开户银行及账号、车辆、船舶等运输工具状况、联系电话等。
2.纳税情况。包括本年度实现的营业额、营业成本、应纳税额、实缴税额和欠缴税额等。
3.财务核算情况。包括会计人员配备、账簿设置、财务核算状况等。
4.货物运输发票管理情况。包括货物运输业发票领购、使用、结存、保管、缴销及违章情况。
年审的程序
（一）按照年审规定的时间要求，自开票纳税人应到主管地方税务局领取《自开票、代开票纳税人年审申请审核表》（以下简称《年审表》），填写盖章后连同工商营业执照副本、道路、水上运输经营许可证复印件、税务登记证副本、《发票领购簿》、年度财务报表及税务机关要求提供的其他资料，一并报主管地方税务局。
（二）主管地税局接到自开票纳税人申报的《年审表》及有关资料后30日内进行初审，并签署初审意见，逐级报送上级审批机关，审批机关应在30日内作出年审结论。年审审批机关是指有批准认定自开票、代开票纳税人资格的县级或县级以上的地方税务局。
年审的结果
（一） 自开票纳税人1.年审合格的处理对年审合格的自开票纳税人，在《货物运输业营业税自开票纳税人认定证书》及《发票领购簿》上加贴自开票纳税人年审合格标识。
（二）年审不合格的处理达不到自开票纳税人资格的纳税人，暂缓通过年审，在3个月内进行整改，整改期间不得自行开具货物运输业发票，如需开具货物运输业发票的由主管地方税务局代开。在规定的期限内，整改合格的按年审合格办法处理，整改不合格的取消其自开票纳税人资格，清缴货物运输发票，并在其税务登记证副本首页右上方和《发票领购簿》上加盖“已取消自开票纳税人资格”专用章，并收回《货物运输业营业税自开票纳税人认定证书》。 纳税人必须在规定的期限内向地方税务局办理年审手续，在规定期限内未办理年审手续的按年审不合格处理。
对已具有自开票纳税人资格的提供货物运输劳务单位，一旦发现有下列情形之一的，经主管地方税务局审定，可取消其自开票纳税人的资格，收回《货物运输业营业税自开票纳税人认定证书》和停止其使用货物运输业发票。
（一） 没有按地方税务局的要求正确核算货物运输和非货物运输的营业收入、营业成本、税金、营业利润的；
（二） 不能按规定向税务机关进行正常纳税申报和缴纳各项税款的；
（三） 有偷税、抗税行为的；
（四） 不能妥善保管、使用货物运输业发票造成严重后果的；
（五） 违反规定，对货物运输和非货物运输业务都开具货物运输业发票的；
（六） 违反规定，为其他纳税人开具货物运输业发票的。
凡被取消自开票、代开票纳税人资格的纳税人，一年内不得再重新申请认定自开票、代开票纳税人。
《年审表》填报不实、数据不准确的，随同《年审表》报送其他资料不齐全，以及其他未按规定办理年审手续的，地方税务局应责令其在年审规定期内如实申报和补报。如仍不如实申报和补报的，则按年审不合格处理。
新认定的当年不年审。
对营业税减税免税的管理办法
符合营业税法规规定的减免条件的自开票纳税人，应向主管地方税务局报送有关资料，并经主管地方税务局认定后才能享受减免营业税优惠。