新《企业所得税法》实施以来，其整体降低内资企业税收负担水平、促进地区间税收政策环境公平的积极意义得到普遍认可，但也存在对原税制固有弊病根除不彻底和新概念界定模糊、政策执行口径不明确的问题。

　　一、由纳税人范围调整引发的总分机构企业所得税汇总征收问题

　　新《企业所得税法》把以公司制和非公司制形式存在的企业和取得收入的组织，界定为企业所得税的纳税人，这是适应经济主体变化形式的必然选择，符合国际惯例，具有前瞻性。但是有些问题依然没有彻底解决，如跨地区总分机构的企业所得税征管问题就是其中之一。

　　根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号）的规定，对于因新《企业所得税法》采取纳税人法人判定标准，而不再单独缴纳企业所得税的分支机构，国家采取了新的汇总征管办法。其税款预缴和汇算清缴的主要方法是：第一，对所缴纳企业所得税被纳入中央与地方共享收入范围的跨地区经营总分机构企业，统一计算总机构和分机构全部应税所得额、应纳税额。第二，将统一计算后的应纳税额在企业总机构和二级分支机构中按比例分摊后分别预缴。总机构按应纳税款的25%向所在地主管税务机关缴纳税款，年终汇总清算后的收入由中央和总机构所在地按60∶40分享；按应纳税款的25%预缴至中央国库，汇总清算后的中央国库内企业所得税收入60%为中央收入，40%由财政部根据2004年～2006年各地区3年实际分享企业所得税占地方分享总额比例定期划转。各二级分支机构按以前年度（1月～6月按上上年，7月～12月按上年）各自经营收入、职工工资、资产总额三因素（权重分别为：0.35、0.35、0.3）分摊剩余的50%应纳税额，并向二级分支机构所在地税务主管机关预缴税款，收入由中央和分支机构所在地按60∶40分享。第三，年度终了后，总机构所在地税务机关根据汇总计算的企业年度全部应纳税额，扣除已预缴税款，多退少补。此方法的执行将显著调节企业所得税收入在地区间的分配，对解决地区间财力不均问题，提高分支机构所在地税收征收管理积极性，均具有一定的积极作用。但是，在实施的过程中，这些方法也表现出一些问题，如果不加调整，将使其实际发挥作用大打折扣。

　　1．二级分支机构计税和征收管理中存在的问题。

　　（1）仍未彻底解决分支机构利用自身税收优惠条件转移企业利润，降低企业整体税负水平的问题。我国实施法人企业所得税制改革的一个重要原因，是用法人条件限制企业利用适用优惠税率的分公司转移利润，减轻整体税负的行为。《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》第十六条，对《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》相应部分进行了修正，将总机构和分支机构处于不同税率地区的，由分别计算应纳所得税额、应纳税额，分别按适用税率缴纳，修正为先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照本办法第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。这两种表述的本质区别在于后者限制了分支机构利用自身在低税率地区，转移处于高税率地区总机构的利润，减轻企业整体税负，达到避税目的的可能性。但是，这种修正实际上仍未彻底摒除企业利用分支机构优惠税率避税的可能性。由于采用以二级分支机构为单位计算应纳税额，三级及以下分支机构的经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构的计税方法，那些二级分支机构处于税收优惠地区而三级机构不应享受优惠税率的企业，应纳税额将大幅减少。这种税收征管漏洞的存在会导致企业扭曲自身组织结构，以达到避税的目的。

　　（2）二级分支机构认定标准模糊。《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》第三十一条规定，总机构应在6月20日前将各分支机构当年应分摊税款的比例填入《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》，报送总机构所在地主管税务机关，同时下发各分支机构。那么，对二级分支机构的判定标准就成为税企双方关注的焦点。现对于企业分支机构层级的判定，没有十分明晰的规定，没有统一标准和监管措施，这将加大企业避税的可能性。而第1年所确定的企业分支机构纳税体系，将对以后年度企业信息的真实性，产生重要的参考作用。制定科学的判定标准和可执行的监管措施已成为当务之急。

　　（3）特殊行业分支机构按三因素就地预缴企业所得税不尽合理。从了解的情况看，生产企业实行分支机构按三因素就地预缴税款企业所得税的办法，各地没有太多的异议，但对建筑、房地产等特殊行业，按照经营收入、工资总额和资产的权重就地预缴企业所得税，多认为不妥。建筑业、房地产业资产少、流动性强、周期短，很多注册为分支机构的单位，其实质是借用总机构的资质，向总机构缴纳管理费，总机构账面体现的是管理费收入，当地税务机关对其无法监控，总机构再按三因素向分支机构分摊应纳所得税额，显然不合理。

　　（4）分支机构法律责任无法界定。新《企业所得税法》将法人界定为纳税人，分支机构不构成纳税人。而《税收征管法》的行政处罚条款只针对纳税人，因而对分支机构出现不按期申报预缴税款等税收违法行为，税务机关缺乏相关的处罚依据。

　　（5）存在加盟店、单位等特殊分支机构的监管真空。实际生活中，有一些分支机构虽然是非法人分支机构，但往往只是总机构或者为取得总机构的某类行业资质，向总机构支付一定的管理费用，经营管理是完全独立的。如果总机构在内部管理时并不把此类分支机构纳入，且按三因素分摊税款时也不将此类分支机构纳入分配范围，那么此类分支机构就处于无人监管的状态。

　　2.跨地区总分机构汇总纳税执行中的征管问题。

　　我国的企业所得税管理权和收入层次，以2002年企业所得税收入分享体制改革为界线，分为前、后两种情况。改革前，国税系统征收中央各部门、各总公司、各行业协会、总会、社团组织、基金会所属企事业单位的所得税，金融保险企业所得税，军队所办的国有企业所得税；地税系统征收地方各级国有企业事业单位企业所得税、集体企业所得税、私营企业所得税。改革后，2001年12月1日前企业所得税的原征管机关不作变动，自2002年1月1日起新登记设立企业的企业所得税由国税系统征收；除少数特殊行业外，其他企业所得税由中央与地方按比例分成，中央保证各地区达到2001年地方实际的企业所得税收入基数，实施增量分成。新《企业所得税法》实施，对国税和地税系统税源划分、中央和地方以及各地方之间企业所得税实际分享收入，必然产生重大影响。由此带来的两套征管系统和地区之间利益博弈的问题不可避免，而跨地区总分机构的企业所得税收入归属和征管权划分则是问题的焦点。

　　实行法人单位汇总纳税后，在原有国税、地税系统征管管辖权不易界定清楚的问题上，又增加了总机构与分支机构主管税务机关不一致的新问题。

　　（1）总机构主管税务机关对各分支机构情况的了解不一定全面，在这种情况下所作出的决定，难免与真实情况不符，进而引发总机构、分支机构主管税务机关之间的矛盾。

　　（2）分支机构涉税事项等均由总机构税务机关决定，在收入任务、管理事项等相关责权利不匹配的情况下，分支机构主管税务机关失去管理的积极性。

　　（3）分支机构主管税务机关无法对收入作出预测。实行《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》后，分支机构预缴的企业所得税由总机构统一计算和分摊。分支机构所在地主管税务机关对分支机构企业所得税收入、税收负担、征管质量等都无法考核，因而无法预测今后每年的收入计划数。

　　（4）税务机关对总分机构的情况难以全面了解，税务检查（稽查）的难度加大。由于总分机构大多是跨地区经营、分属不同税务机关管理，因此，总分机构的主管税务机关无法对其经营情况进行直接、全面、有效的检查（稽查）。实行法人汇总纳税，客观上要求总分机构主管税务机关加强信息沟通，但由于国税、地税系统征管信息不在一个平台上，目前很难做到。

　　（5）对总分机构情况缺乏事前监控。若总分机构不如实提供机构管理情况，可依照《税收征管法》关于“不如实提供税务资料”的有关规定，对其给予处罚。但这仅是事后的一种补救和惩戒措施，在事前没有行之有效的监控办法。

　　另外，新收入分配方式实施后，各级政府对总分机构高度关注。新《企业所得税法》的实施激发了地方政府发展总部经济的热情。地方政府采取各种措施对辖区内的分支机构施加影响，以促其转变成法人单位。这样做的后果是干预纳税人的正常经营活动，引发国税、地税机关的征收管辖权争议。

　　二、应纳税所得额计算中存在的问题

　　1.不征税收入扣除问题。

　　不同于原企业所得税法对收入仅有一个收入总额概念，新《企业所得税法》明确提出了应税收入、不征税收入、免税收入概念。其中，不征税收入是指从性质和根源上不属于企业营利性活动带来的经济利益，从税收原理上应永久不被列入征税范围，主要包括财政拨款和依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金。

　　但是《企业所得税法实施条例》第二十八条规定，企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除。这一规定没有区分支出性质，未能真正体现不征税的精神。对企业而言，其取得的不征税收入，主要是指国家规定专门用途并经国务院批准的财政性资金，其实质是政府对企业的一种捐赠。这种不征税收入能在两个环节带来企业经济利益的流入：一是在取得不征税收入环节，企业无须付出对价，取得的过程即是经济利益的净流入；二是企业用这部分收入从事与生产经营相关的活动，带来经济利益的流入。如果纳税人将不征税收入用于与取得应税收入有关的支出，而不能按配比原则进行扣除，则必然造成对不征税收入事实上的征税。例如，国家对某企业拨款200万元用于某项新产品的开发，该企业用该款项购置专用试制设备1台，假定折旧年限为3年（不考虑净残值），试制过程中销售试制产品取得销售收入400万元，发生除折旧之外的试制支出40万元。则3年中因该笔业务企业应纳所得税为：（400－40）×25%＝90万元。如果上述200万元系其他企业捐助，则3年中企业因该笔业务应纳所得税为：（200＋400－200－40）×25%＝90万元。由此可以看出，企业用征税收入和不征税收入支出，其应纳税额完全一致，不征税的规定未能体现出来。

　　2.具体执行中合理性原则的困惑。

　　新《企业所得税法》第八条和《企业所得税法实施条例》第二十七条在税前扣除中提出了“合理”这一标准。合理性原则的适用是国际上的一般做法。企业发生的与取得收入有关的、合理的支出可依法得到充分补偿。但对于合理性这样一个相对模糊的概念，由于人的理解角度和知识背景等存在差异，征纳双方甚至征收管理机关内部，很容易产生截然相反的解释，给新法的实施带来阻碍。

　　国家税务总局《关于印发新企业所得税法精神宣传提纲的通知》（国税函〔2008〕159号）指出，对工资支出合理性的判断，主要包括两个方面：一是雇员实际提供了服务，二是报酬总额在数量上是合理的。实际操作中主要考虑雇员的职责、过去的报酬情况，以及雇员的业务量和复杂程度等相关因素。同时，还要考虑当地同行业职工平均工资水平。但是，并未对利用此项目避税的不合理扣除作出规定，难以对企业股东以工资名义分配利润或经营者不适当地为自己开支高工资等作出界定，制定惩罚措施。可见，在合理性的评判标准方面，需要进一步制定更具有可执行性的量化指标。此外，目前我国企业所得税制仍未明确对职工数量的认定方法，对“在本企业任职或者受雇的员工”的界定并不明确。在实际操作中，对于使用劳务派遣企业提供的劳务人员应如何界定？对兼职人员工资是否应视作劳务费支出？存在一系列需统一征管口径的问题。同时由于对职工数量的真实性难以确认，使以工薪总额14%为界的职工福利费支出扣除也同样失去了准确计量的可能性。

　　3.福利费扣除问题。

　　新会计准则已取消职工福利费支出，统一在职工薪酬中核算。会计上要求企业在首次执行新会计准则时，将应付福利费转入“职工薪酬－福利费”，同时规定应付福利费结余，上市公司可以结余冲减当期管理费用，非上市公司继续按原有规定使用。税法却仍旧允许提取职工福利费。二者的不相吻合使企业无所适从，政策失去了得到真正执行的条件。

　　三、税收优惠政策中存在的若干问题

　　1.若干企业所得税优惠目录尚未出台。

　　《企业所得税法实施条例》第八十七条、第九十九条、第一百条提到的企业所得税优惠目录，除《国家重点支持的高新技术领域》、《资源综合利用企业所得税优惠目录》外，其他税收优惠项目执行标准仍未推出。因此，企业将不能及时享受到税收优惠。

　　2.环境保护、节能节水项目企业所得税优惠的管理问题。

　　《企业所得税法实施条例》第八十八条规定，企业从事前款规定的符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第1年～第3年免征企业所得税，第4年～第6年减半征收企业所得税。这项规定存在的问题有：一是大型企业将环境保护、节能节水项目的产品，作为生产产品的原材料，不对外销售，而是减少原材料外购量，其项目所得应如何确定；二是在程序上，某项目在启动前，一般是先由管理部门对项目进行认定。认定后，企业再进行投资改造，然后竣工并取得生产经营收入。但在实际生活中，有许多企业是先进行投资改造，竣工并取得生产经营收入，后到管理部门认定项目，前后跨年度。在这种情况下，如何认定享受优惠政策的时间，成为需要明确的问题。

　　3.关于开发新技术、新产品、新工艺的认定和研发费用列支范围问题。

　　新《企业所得税法》规定对于企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定实行100％扣除的基础上，按照研究开发费用的50％加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150％摊销。《企业所得税法实施条例》虽然明确了企业所得税研究开发费用加计扣除优惠限定于开发新技术、新产品、新工艺，但仍存在几个不明确的问题：一是对于开发新技术、新产品、新工艺的认定，应怎么认定、由谁认定；二是研究开发费用项目内容，即研究开发费用究竟应列支哪些具体费用；三是原来的关于技术开发费的相关规定如何适用。根据《财政部、国家税务总局关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知》（财税〔2006〕88号）的有关规定，对符合条件的企业在1个纳税年度实际发生的技术开发费项目，按规定实行100%扣除基础上，再按当年实际发生额的50%在企业所得税税前加计扣除。企业年度实际发生的技术开发费当年不足抵扣的部分，可以在以后年度企业所得税应纳税所得额中结转抵扣，抵扣的期限最长不得超过5年。但新《企业所得税法》规定企业的上述研究开发费在计算应纳税所得额时可按照研究开发费的50％加计扣除，而对企业以前年度结转技术开发费未抵扣额如何过渡处理，尚无明确规定。如果税务机关无法有效地对纳税人计提这部分费用进行监管，一些企业就会以开发新技术、新产品、新工艺的名义，多计提研发费用或扩大计提范围，从而产生关联企业避税的又一手段，即关联企业一方委托另一方进行研发，按照新《企业所得税法》的规定，对委托方而言可以享受加计扣除优惠，对受托方而言可以享受技术转让所得免税或者其他技术类优惠。

　　4.固定资产加计扣除政策的衔接问题。

　　《企业所得税法》第三十二条规定，企业的固定资产由于技术进步等原因，确需加速折旧的，可以缩短折旧年限或者采取加速折旧的方法。这里存在着与原税法对固定资产折旧年限认定不一致的衔接问题。如，新税法规定运输工具、电子设备的最低折旧年限由5年分别缩短为4年和3年，那么此规定是否仅指2008年1月1日以后购买的设备？对以前购买的设备执行什么政策？另外，此规定目前无法操作。因为对由于技术进步、产品更新换代较快的固定资产，常年处于强震动、高腐蚀状态的固定资产均并未明确具体范围。

　　5.资源综合利用政策问题。

　　《企业所得税法实施条例》第九十九条规定企业所得税法第三十三条所称减计收入，是指企业以《资源综合利用企业所得税优惠目录》规定的资源作为主要原材料，生产国家非限制和禁止并符合国家和行业相关标准的产品取得的收入，减按90%计入收入总额。问题在于企业综合利用资源所生产的产品，大多不对外销售，而是继续作为生产的原材料。如何合理确认相关收入，提出价格的核定、产品的计量等规定要求，成为在制定优惠目录时必须考虑的问题。

　　四、新《企业所得税法》征收管理中存在的问题

　　1.企业所得税核定征收企业适用税收优惠的问题。

　　《企业所得税月（季）度预缴纳税申报表》的填表说明指出：实行核定征收企业所得税的纳税人，可以依法享受过渡期的税收优惠、小型微利企业优惠、高新技术企业优惠和经税务机关审批或备案的其他减免税优惠。但是，这一规定与《企业所得税核定征收办法（试行）》的相关规定不衔接，在实际工作中难以操作。按《企业所得税核定征收办法（试行）》第四条规定，纳税人的收入或成本费用只有1项可以正确核算（查实、计算、推定）的适用核定应税所得率征收方式；1项都不能正确核算（查实、计算、推定）的，适用核定应纳所得税额征收方式。按《企业所得税法实施条例》规定，高新技术企业优惠应符合的条件包括：研究开发费用占销售收入的比例不低于规定的比例，高新技术产品（服务）收入占企业总收入的比例不低于规定比例。这就要求纳税人的收入和成本费用均能够准确核算，核定征收企业显然不能符合这一要求。

　　2.企业清算的企业所得税申报问题。

　　《企业所得税法》第五十五条规定，企业应当在办理注销登记前，就其清算所得向税务机关申报并依法缴纳企业所得税。《企业所得税法实施条例》第十一条规定，清算所得是指企业的全部资产可变现价值或者交易价格减除资产净值、清算费用以及相关税费等后的余额。笔者认为，从1994年以来，由于没有对企业清算作明确的征管规定，大部分企业注销时没有向税务机关提交清算报告，实际上税务机关很难对企业清算所得进行管理，企业注销时税收流失相当严重。