2008年12月10日，国家税务总局发布《关于印发〈企业研究开发费用税前扣除管理办法[试行]〉的通知》（国税发[2008]116号，以下简称《办法》）。虽然《办法》篇幅很简短，只有20个条文，但对研究开发费用的扣除主体、范围、程序等纳税人关心的基本问题都予以明确。另外，由于《办法》从2008年1月1日起执行，因此所有符合条件的企业都可以在2008年度企业所得税汇算清缴期间将优惠落实。对相关利益主体特别是纳税人而言需要特别重视以下关键点。

　　一、研发费用扣除以专账管理为前提

　　《办法》只适用于财务核算健全并能准确归集研发费用的居民企业，这就意味着非居民企业以及实行核定征收的居民企业被挡在了加计扣除优惠的大门之外。对大多数纳税人而言，欲求享受优惠，至少需要实行查账征收，建立健全财务会计核算制度，设置“研发支出”等账户对研发费用进行正确的归集和分配。

　　《办法》同时要求企业填写附表所规定的费用项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研发费用的实际发生金额。企业应于年度汇算清缴所得税申报时，向主管税务机关报送《办法》规定的相应资料。如果企业申报的研发费用不真实或者资料不齐全，不得享受加计扣除，主管税务机关有权对企业申报的结果进行合理调整。

　　笔者建议，纳税人应按照研发项目或承担研发任务的单位，设立台账归集核算研发费用，这样既可以满足会计核算的细化要求，也可以满足税务计算检查的要求。实际工作中，税务机关已经?取消了对技术开发费加计扣除的事前审批，但是在事后监督检查时税务机关仍要求享受技术开发加计扣除政策的纳税人必须账证健全，并能从不同科目中准确归集技术开发费用的实际发生额，这就必须借助准确详细的台账记录。同时，《办法》还要求纳税人在一个纳税年度内进行多个研发活动的，应按照不同开发项目分别归集可加计扣除的研发费用额。

　　二、研发活动只针对自然科学

　　《办法》中所指的研发活动只适用于自然科学，即企业为获得科学与技术新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、工艺、产品(服务)而持续进行的具有明确目标的研究开发活动。不包括人文社会科学需要。具体来讲，《办法》规定能够享受加计扣除优惠的研发活动只限于企业从事《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南(2007年度)》规定项目的研发活动。这实际上为研发费用的税前扣除设置了产业门槛。比如，北京著名的洗浴服务企业清华池，最近若干年在研究修脚技术方面投入了大量人力、物力和财力，但是囿于其从事的产业领域，这些修脚技术的研究开发费用很难享受税收优惠。

　　纳税人在一个纳税年度中实际发生的、符合规定项目的、允许在计算应纳税所得额时按照规定实行加计扣除的费用支出，《办法》明确规定了8条。需注意的是，企业依法取得知识产权后,在境内外发生的一些知识产权维护费、诉讼费、代理费、“打假”及其他相关费用支出不在上述研发费用之列，只能作为一般管理费用，不能享受加计扣除的所得税优惠。

　　三、合作开发和委托开发的特殊要求

　　《办法》规定，对企业共同合作开发的项目，凡符合条件的，由合作各方就自身承担的研发费用分别按照规定计算加计扣除。实际工作中，可以以合作开发合同为基础，设计原?始凭证分割单进行操作。对企业委托给外单位进行开发的研发费用，凡符合条件的，由委托方按照规定计算加计扣除，受托方不得再进行加计扣除。为了便于事后确定委托方研发费用的构成，对委托开发的项目，受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况，如果委托并未取得该明细情况清单等文档资料，其开发项目的费用支出也不得实行加计扣除。

　　四、加计抵扣和加计摊销并行

　　《办法》规定，企业根据财务会计核算和研发项目的实际情况，对发生的研发费用进行收益化或资本化处理的，可按下述规定计算加计扣除：

　　（1）加计抵扣。研发费用计入当期损益未形成无形资产的，允许再按其当年研发费用实际发生额的50%，直接抵扣当年的应纳税所得额。这里需要注意的是，《办法》没有对亏损企业是否可以享受该类抵扣等问题给予答复，但笔者认为，亏损企业符合条件的研发费用也可享受加计抵扣待遇。因为，无论是从应纳税所得额的计算过程，还是结合《关于印发〈中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表〉的通知》（国税发[2008]101号）规定的年度申报表格式进行判断，加计扣除的实质都是在计算出纳税调整后所得或应纳税所得额之前的一个扣除项目，如果亏损企业不允许扣除加计的研发费用，等于没有计算出纳税调整后所得或应纳税所得额。对于亏损企业扣除加计的研发费用后进一步形成的亏损，应按照税法对年度亏损的要求后转5年进行补亏。

　　（2）加计摊销。研发费用形成无形资产的，按照该无形资产成本的150%在税前摊销。除法律另有规定外，摊销年限不得低于10年。但此规定并不等同于无形资产成本本身按照150%摊销，因为进入无形资产成本的支出不一定都是研发费用，比如研发形成的无形资产成本中还可能包括一部分允许资本化的借款费用，这部分借款费用一般不能享受加计摊销的优惠。对于享受加计摊销优惠的无形资产而言，假设其账面余额（原?价）为500万元，全部是研发费用，会计摊销期为10年，不考虑预计净残值。摊销方法为直线法，年末对应的“累计摊销”账面余额为200万元（截止当年年末已经?摊销4年），则按照会计准则确定的无形资产账面价值为300万元。在企业收回资产账面价值的过程中，计算应纳税所得额时按照税法规定可以自应税经?济利益中抵扣的金额为300×150%=450（万元），即按照所得税会计准则确定的计税基础为450万元。无形资产账面价值300万元和计税基础450万元之间的差额150万元属于可抵扣暂时性差异，如果假定该企业属于国家需要重点扶持的高新技术企业，适用15%的所得税优惠税率，并且企业预计很可能取得足够的用来抵扣可抵扣暂时性差异的应纳税所得额，则该企业年末应确认的递研所得税资产为22.5万元。

　　需要说明的是，税法没有对研发费用的费用化处理或资本化处理的适用条件进行规范，此时，只能依据会计准则的相关规定进行判断。对于企业自行进行的研发项目，无形资产准则要求区分研究阶段与开发阶段分别进行核算。研究活动是否能在未来形成成果，即通过开发后是否会形成无形资产均有很大的不确定性，企业也无法证明其研究活动一定能够形成带来未来经?济利益的无形资产，因此，研究阶段的有关支出在发生时应费用化计入当期损益。而开发阶段相对于研究阶段更进一步，且很大程度上形成一项新产品或新技术的基本条件已经?具备，此时如果企业能证明满足无形资产的定义及相关确认条件，则所发生的开发支出可按无形资产会计准则予以资本化，确认为无形资产的成本。

　　五、申请加计扣除不需要税务鉴证

　　企业实际发生的研发费用，在年度中间预缴所得税时，允许据实计算扣除，在年度终了进行所得税年度申报和汇算清缴时，再依照《办法》的规定计算加计扣除。这种加计扣除属于一种自主申报式的扣除。《办法》没有设定任何不合理的行政许可或审批，既不要求企业从事的研发活动到科技行政主管部门去“立项”，也不要求研发费用事先通过会计师事务所或税务师事务所的审计、审核或鉴证。这一点从《办法》要求企业申请加计扣除时，应向主管税务机关报送的六大资料就可以看出。笔者认为，从下位法不得违背上位法的法理来判断，各地主管税务机关是无权强制设定科技部门审批和中介机构出具鉴证报告等附加手续的。但若主管税务机关对企业申报的研发项目有异议，可要求企业提供政府科技部门的鉴定意见书。企业研发费用各项目的实际发生额归集不准确、汇总额计算不准确的，主管税务机关也有权调整其税前扣除额或加计扣除额。

　　六、企业集团可对集中开发的研发费用进行内部分摊

　　《办法》规定，企业集团根据生产经?营和科技开发的实际情况，对技术要求高、投资数额大，需要由集团公司进行集中开发的研发项目，其实际发生的研发费用,可以按照合理的分摊方法在受益集团成员公司间进行分摊。当然这种分摊应当符合独立交易原?则。

　　特别需要说明的是，《办法》同样没有对企业集团采取合理分摊研发费用设定任何事前审批程序。相对此前国家税务总局《关于印发企业技术开发费税前扣除管理办法的通知》（国税发[1999]49号）的规定，企业集团研究开发费用扣除程序上得到极大简化。

　　另外，《办法》尚未明确集团集中研发费如果计入当期损益，是由集团总部将其所有下属企业的全部费用统一进行的加计扣除，还是由所属企业按各自所分摊的费用部分加计扣除。这一点在2009年全面取消母子公司合并纳税后如果不予明确将会影响母子公司所在不同地区的税务利益。笔者倾向于研发费用由集团公司内部合理分配后，由各公司自行计算加计扣除。