1.宏观利益与微观利益难以协调。国家与市场主体是两种不同的利益主体，追求的利益方式存在一定的差异。市场主体微观利益与国家宏观利益发生矛盾时，普遍地表现为前者对后者的侵蚀。这时，内部审计既要保护国家利益不受损害，又要维护市场主体利益，使内审机构往往陷于双益兼顾的二难境地。内部审计人员往往受其所处地位、环境的影响，从本位利益出发，追求市场主体的“利益最大化”，从而程度不同地损害了国家利益。

　　2.监督与服务难以统一。内部审计的本质是既监督又服务，但监督与服务如何统一，是内部审计矛盾的另一表现。实践表明，内部审计的基本职能是查证与评价。查证，即对受托经济责任结果进行核查与证实；评价，即向主要负责人提出报告，表示审计结论。内部审计之所以具有监督职能，是因为在内审机构被定义为独立的权力机构并经授权之后，表现为一种权力行为能够对另一种权力行为进行控制，其监督的本质才体现出来。从这个角度看，监督应该是第一位，具有权力实施的强制性，为此形成内部审计服务职能的第二性特征。前者表现为强制性的目标，使用强制性手段，与后者表现的服务特点存在政策与方法上的不对称，从而形成监督与服务职能的矛盾。

　　3.独立性地位无从体现。独立性是内部审计的前提条件。但内审人员往往因单位领导干预、利益关系制约、人际关系影响，使内审机构及其人员不能客观、真实、公正、全面地开展工作。由于没有独立性地位，缺乏权威性评价，所做出的内审意见和处理决定常常因管理体制上的影响而得不到有效的贯彻执行。

　　4.审计决定与执行效果难以到位。“审计易而执行难”，这是内部审计存在的又一个突出问题。这一问题的产生，就其客观原因看，由于时间的迁移和人员的变动，审计结论和决定不能得到及时的落实和处理；管理的松弛和无序，或无章可循、或有章不循，又将其束之高阁，结果是违规违纪行为难以查处。就主观因素看，由于诸多经济问题大都与各级“乌纱”的实际相联系，而共同的利害又极易使其结成权力网。尽管“拔出萝卜带出泥”，尽管烂泥下面又露出极具现代特色的“萝卜”，然而，经过“权力网”的精心庇护和有目的变通后，大事化小，小事化了，内审中所发现的诸如腐败行为仍然能够腐而不败，“萝卜”依旧，“乌纱”依旧。

　　5.内审素质与质量难以匹配。由于内部审计发展的初始阶段主要侧重于以查错防弊为目的的财务审计，故内审人员大都来自财会部门，内审人员专业素质普遍不高，结构不尽合理。随着市场主体现代制度的完善，内部审计由单纯财务审计向内部控制制度延伸，并最终转移到效益评价上来。内审人员素质与内部审计发展要求不相适应，最终影响内审工作的质量。

　　6.内审与外审主从关系难以体现。在构成审计监督体系的国家、内部和社会三大审计中，国家审计是主导，内部审计和社会审计是从属。但在实际操作中，三大审计却是各自独立、不可替代地在不同的领域内各司其职，其主导与从属的关系很难体现。虽然《审计法》早已规定了内部审计应当接受国家审计的指导和监督，但由于内部审计是处在外部指导与主管领导之间，内审工作往往无所适从，主从关系的确立有待于外部环境的进一步改善。

　　7.内审人员与内部关系影响复杂。内审人员与市场主体内其他成员之间存在着领导与被领导的关系，以及派生出来的与各级领导的关系。此外，还有与各部门管理人员之间的关系。相对于某一具体审计事项，这些关系对内审人员都或多或少地形成来自于各方面的干扰。这种干扰往往会使内审人员的报告为保证内部管理人员所能接受而受到折衷和妥协。这也是市场主体内审工作难以发挥职能、实现有序运营的根本原因之一。

　　二、内审工作的方法与措施

　　1.建立健全内审机构。完善内部审计制度是现代生产力发展的要求，是规范现代市场主体的关键。一要合理界定内部审计职能；二要保证内部审计的独立性。合理界定内部审计职能，要从市场主体管理者的角度，以满足管理者的需要为前提，约束监督市场主体的内部分权行为。建立健全内审机构要从单纯的查错的历史审计，转向市场主体预期评价方面，通过细化分权的控制程序，实现市场主体的过程前、过程中、过程后的全程控制，以此为基础，根据市场主体的个性特点和控制特性，设计、界定内审职能。内部审计独立性是审计的灵魂，离开了独立性，审计的任何结论将失去独立的控制作用。内部审计是市场主体层级管理与层次经营的分权产物，独立性就是根据这一分权制度建立的。独立性存在两方面含义，一是内部审计部门要独立于被监督者，这是履职的保证。二是内部审计要有独立的引证权，这是执法的保证。因此，内部审计的独立性体系应体现：内部审计业务应由最高管理当局委托并授权；内部审计部门的人员由最高管理当局委派；内部审计部门的经费核算不受到其他部门的牵制，尤其不能受到财务会计部门的牵制；内部审计人员不参与所要审计的业务活动。

　　2.加强内审的制度化建设。内部审计机构是根据国家审计法要求设立的，应接受国家审计部门的工作指导。内部审计与外部审计的侧重点不同，但审计的对象均是市场主体的财政、财务收支。随着我国市场经济体制的逐步完善，法制建设的逐步规范，以及市场主体遵纪守法观念的加强，经营主体将逐步走向规范化，依法经营。内审与外审就都能做到审计评价的公正，结论的准确，审计的目的也将趋向一致。

　　3.提高内审人员的素质。提高内审人员素质除了提高政治、经济生活待遇外，还要针对内审人员知识结构单一、知识老化的客观实际，加强内审人员的在职培训，辅之以必要的复合型人才的引进。这是降低审计风险、减少审计成本、完成预期审计目标的根本保证，也是解决内部审计素质与质量矛盾的有效手段。

　　4.选择好内部审计工作的重点。内部审计工作的重点在时间上应从事后审计转向事前、事中审计，做到事后检查与事前、事中检查的有机结合；在工作内容上，将从查处违规违纪审计转向内控制度审计、绩效审计，通过设立内审指标体系，提高资金运行效率，为创新管理体制和运行机制服务。就内容而论，绩效审计包括对人力资源的结构、质量、利用程度、资金筹集和经济活动的成本核算、质量控制以及投资效益等进行审计。它具有一定的预测性质，以规范科学的审计工作程序为后盾。在我国，绩效审计开展比较缓慢，缺乏详细的绩效标准，只能参考并不完善的行业标准。因此，绩效审计只能是抓住重点，对决策过程进行可行性分析和评价。

　　5.实现内部审计因素的全面整合。无论是单位内部审计，还是系统内的“上审下”，审计方法均应从现行的以账表为主导的审计与以内部控制系统为主导的审计相结合的审计方式，转向以内部控制系统为主导的审计与以业务为主导的风险审计相结合的审计方式。由于市场主体未来环境变化，信息系统的网络化，要求审计重视风险性检查，并全面整合内审因素，即企业自审与经济责任审计相结合；任中审计与任期审计相结合；审计查证与调查分析相结合；详查与抽查相结合；经济责任审计与离任交接审计相结合。

　　6.实现内审的信息化。审计技术手段从手工审计逐步向计算机辅助审计过渡，要求建立一个内审意见资料库加以配合，一方面可以让内审人员参考其他检查人员的意见和经验，另一方面也可以使内审分析和意见标准化，最终进行计算机审计。